Le manque d’extension sur l’ensemble du territoire ne serait alors dû qu’à un manque de soumission au pouvoir central, les constitutionnels étant parfois privilégiés au détriment des théophilanthropes, ce dont Grégoire félicite Besançon en juin 1798 à l’occasion d’un article des Annales de la religion.
C’est dans cet établissement, devant les élèves et les familles réunis, qu’a lieu le premier exercice du culte théophilanthrope en janvier 1797. On note que les cinq premiers dirigeants, dont Chemin et Haüy, sont très probablement francs-maçons.